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建树赶尾人一站式建树工具使用说明书

做一棵系统发育树，标准流程是「多序列比对 → 比对修剪 → 最大似然建树」三步，对应 MAFFT、trimAl、IQ-TREE 三套命令行软件。本页把这三步串成一条流水线：把测序文件拖进浏览器，点按钮（或一次「一键执行」），全部在服务器上跑完，结果直接在页面底部画出系统发育树 —— 不需要装软件，也不需要写命令。

对应页面：/iqtree（工具页左上角「? 功能说明书」即本页） · 序列会上传到服务器执行 MAFFT / trimAl / IQ-TREE

1这个页面解决什么问题

2界面元素一览

页面右侧是一条固定的浮动操作栏，左侧是序列展示区。自上而下（绿色 = 常规的左键操作，红色 = 容易被忽略的隐藏入口）：

手机版右键 + 加载序列
一键执行
🔗 Mafft对齐 ✂️ trimAl裁切 🌳 iqtree建树
🧰 工具箱

操作栏的真实排布（配色一致，尺寸为示意）。
「一键执行」是窄长竖排按钮，三段渐变依次对应右侧三键；
「手机版右键」只在窄屏出现。

元素作用
+ 加载序列 左键=打开系统文件选择器，一次可多选 .ab1 / .seq / .fasta / .fa；也可以直接把文件拖拽到按钮上。
右键 / 长按=打开「加载序列」窗口，两种来源二选一：从 GenBank 获取（填 Accession ID，英文逗号分隔）或手动填入序列（直接粘贴序列，可另起一个序列名）。
从「Nucleotide 检索」页点「去建树」跳转过来时，本窗口会自动打开并预填好 accession。
对齐之后本按钮禁用（变灰，提示「已对齐，无法加载新序列」）—— 已对齐的数据不应再插入新序列，否则比对失去意义。
一键执行 依次执行 对齐 → 裁切 → 建树，任一步失败即停止。它自己不动，只是把右侧三键按顺序替你点一遍 —— 按钮上自上而下的三段颜色（紫 / 橙 / 绿）就是按三键的顺序排的，不是进度条。已经对齐之后本按钮失效（变灰、提示「已对齐，一键执行已失效」），因为后两步要基于当前的对齐状态走，此时请直接点后面三个按钮。
🔗 Mafft对齐 左键=按上次的参数直接执行；右键 / 长按=打开「🔗 MAFFT 对齐参数」窗口，改完再执行。对齐之后本按钮变灰禁用（已对齐的数据不再重复对齐）。
✂️ trimAl裁切 左键=按上次的参数直接执行；右键 / 长按=打开「✂️ 裁切参数」窗口，窗口里比另两个多一个「手动裁剪」按钮，用于在峰图上自己框选要裁掉的列（见第 5 节）。必须先对齐才能裁切。
执行过裁切之后，按钮文字会变成「✂️ 手动裁切」，并自动进入手动裁剪模式，方便你接着微调裁切范围；此时它不再响应右键参数。
🌳 iqtree建树 左键=按上次的参数直接执行；右键 / 长按=打开「🌳 建树配置」窗口，改完再执行（命令里须保留 in.fa 与 out 两个占位符）。结果在页面底部画出系统发育树。必须先对齐才能建树。
🧰 工具箱 四个辅助功能：恢复状态（三档回滚） / 序列紧凑视图 / 拖动排序 / 修改碱基（见第 8 节）。进入拖动排序或修改碱基模式时，本按钮会变红并改文案为「✓ 完成拖动 / ✓ 完成修改」，再点一次退出。
手机版右键 手机 / 平板上没有鼠标右键，点它弹出同样的菜单（等价于在按钮上 右键 / 长按）。桌面宽度下不显示，窄屏（≤768px）才出现。
已对齐（灰） 禁用态示意。执行过对齐之后，「+ 加载序列」「🔗 Mafft对齐」「一键执行」会一起褪成这个灰并不可点（页面上的文字仍是白色，底色变为浅灰），鼠标悬停会给出原因提示。
标签页栏（页面上沿） 一页一组序列。可新建、改名、删除标签页；不同片段放不同标签页，建树时按标签页顺序合并成多分区矩阵。
序列区块 每条序列一块：左上角是标本名输入框（可改，该名字就是树上的叶名），右上角是删除按钮，下方便是峰图 / 碱基行（见第 4 节）。
底部图例 + 按钮 图例：对齐插入的空位（黄色虚线框）、裁切掉的区域（灰色块）；右侧是「🗑 清空全部」与「💾 导出合并FASTA」（把当前标签页全部序列导成一个 FASTA 文件）。
⚠ 浏览器承载力有限，请勿添加超过 100 条带峰图的序列
每条带峰图的序列（.ab1）都要在页面里绘制上千个 SVG 元素。超过 100 条后页面会明显卡顿甚至失去响应。

3四步流程

  1. 1上传：点「+ 加载序列」选择文件（或直接拖入页面）。建树至少要 4 条序列，且应当是同源片段（例如都是同一条 ITS 引物扩出来的）。
  2. 2对齐：点「🔗 Mafft对齐」。服务器跑 MAFFT，把长短不一的序列按同源位点排好，不足处在峰图上补出黄色虚线框的插入空位。
  3. 3裁切：点「✂️ trimAl裁切」。自动识别因比对而变得不可靠的列（大片空位、两端乱序区），把它们灰化——灰块覆盖的列不参与建树。
  4. 4建树：点「🌳 iqtree建树」。IQ-TREE 做最大似然建树 + UFBoot 自举检验，完成后页面底部直接画出系统发育树。

（第 2 至第 4 步也可以合并成一次「一键执行」。）三个执行按钮都还能 右键 / 长按 打开参数窗口，改完参数再跑，详见第 7 节。

每一步之后按钮会怎么变
  • 对齐之后：「+ 加载序列」「🔗 Mafft对齐」「一键执行」三个按钮一起变灰 —— 比对已经定型，不应再插入序列或重复对齐。
  • 裁切之后：「✂️ trimAl裁切」变成「✂️ 手动裁切」，方便继续微调。
  • 想重来：工具箱 →「↺ 恢复状态」，按需要选一档回滚（想连「修改碱基」一起撤销就选「回滚至刚上传」），三个按钮随即恢复可用。

4看懂「序列区块」

每个序列区块就是把一条测序读长摊开画出来。下面是同一条序列在加载后、与对齐后的样子（取同一段，便于对比）。

图 1　加载后（尚未对齐）的序列区块
110120130140CTGTAGGTTGGCGTGGGTTTCTAGCCTCCGGGCTGGGAGC123
G A T C 四条曲线 = AB1 四个荧光通道的原始信号

（纯文本序列 .seq / .fasta 没有峰图数据，区块里只显示碱基行，没有四通道曲线。）

点「🔗 Mafft对齐」之后，同一段序列会变成：

图 2　对齐完的同一段序列 图中的黄色虚线框 = MAFFT 补出的插入空位
120130140150TGTAGG-TTGGCGTGGGTTTCTAGCCTCC---GGGCTGGG120130140150123
区块右上角的同名徽章
  • 黄色 ⚠ 本页同名：当前标签页内有两条序列的标本名相同 —— 建树时同名叶会更难区分，建议改名。
  • 绿色 √ 对方标签页名：该标本名在别的标签页里也出现过（多片段测同一批标本时很常见，属正常提示）。
  • 黄绿并存时以黄色优先。序列增删、改名、标签页增删后徽章会自动重算。

5裁切：去掉不可靠的列

比对之后，两端和空位扎堆的区段会变得不可靠，直接拿去建树会引入噪声。trimAl 默认用 -automated1 自动判断，把这些列裁掉。 下面这张图取同一条序列的比对首端——那里裁切最集中、最容易看清：

图 3　trimAl 自动裁切后的序列（比对首端） 图中的灰色块 = 被判定为不可靠、不参与建树的列
102030----CGCAGAGACTGCGGAGGA-CATTAACGA10203012

手动裁剪

自动裁切有时过于激进或过保守，此时可以自己框选，两种入口：

然后在峰图上按住鼠标横向拖出一个框，松手即把该区间标记为裁切区（同样显示为灰块）。被手动裁剪的列同样不参与建树，但依然占列位。

灰块仍然占着列位
无论自动还是手动裁切，被裁掉的列不会从画面上消失，只是盖上灰块 —— 这样峰图、碱基行、刻度与其它序列之间的逐列对齐关系才不会被破坏。 （也正因如此，区块宽度不会因为裁切而变短。）
手动裁剪与自动裁切的关系
一旦使用手动裁剪，本次就不会再执行自动裁切 —— 裁切范围完全以你框选的为准。想回到自动裁切，用工具箱的「↺ 恢复状态 → 回滚至对齐前」重来一遍即可（该档保留「修改碱基」的改动）。

6看懂「系统发育树」

建树成功后，页面底部会出现「🌳 系统发育树」区块 —— 这就是 IQ-TREE 的产出，直接画在页面上，无需跳转。

图 4　建树结果
sample_06sample_03sample_02sample_0484.3sample_05sample_01sample_0774.410000.06分支长度：遗传距离（不足 2px 强制按 2px 显示）97节点置信度（支持值 / UFBoot）12
树枝（线长 = 遗传距离） 红色数字 = 节点支持值 默认按短子树在上排列叶序

树上方的枝长缩放倍数控制条（－ / 滑块 / ＋，范围 0.2×–6×）只影响显示宽度，不改变树的拓扑与枝长数值。旁边是「🌲 去树查看器」，把当前树 POST 到树查看器页面，在更宽的画布里交互查看。

按钮作用
🌲 去树查看器在新标签页打开树查看器，携带当前 Newick 与标题。
🔀 通过枝长重排序列按树中的叶序（默认短子树在上）重排页面上所有标签页的序列区块，让页面顺序与树的叶序一致，方便逐条核对。
执行后页面顶部会提示「已按枝长重排 N 个标签页（共 M 条序列）」。
⬇ 下载 .treefile下载 Newick 格式的树文件（tree.treefile），可继续用其它软件分析或归档。
🖼 下载为 PNG 图片把页内绘制的树与图例合成一张高清 PNG 图片导出，用于报告或插图。
💾 下载本页把当前整页状态保存成一个自包含的 HTML 文件（含峰图与已绘制的树），可离线打开、可分享。见第 9 节注意事项。
默认参数在做什么
-m MFP = ModelFinder Plus，自动为数据挑最合适的核苷酸替换模型；-B 1000 = 1000 次 UFBoot 自举，给出节点支持值；-T AUTO = 自动选择线程数。
这条流水线没有 -bb / -alrt 等额外检验，是一套兼顾速度与稳健的常用默认组合。

7参数配置（右键 / 长按）

三个执行按钮都支持右键（手机上长按，或用「手机版右键」按钮）打开参数窗口。左键 = 按上次参数直接跑，右键 = 先改参数再跑。

按钮参数窗口标题默认命令
🔗 Mafft对齐MAFFT 对齐参数--auto --adjustdirection in.fa
✂️ trimAl裁切裁切参数（另有「手动裁剪」按钮）-in in.fa -automated1 -colnumbering
🌳 iqtree建树建树配置-s in.fa -m MFP -B 1000 -T AUTO --prefix out
两个占位符
  • in.fa：代表输入文件名。后端会按标签页顺序把各标签页的序列组合成输入（多标签页即多分区），你不需要写真实路径。
  • out：代表输出前缀。建树的输出文件（.treefile 等）由后端按此前缀落盘。
  • 因此建树命令里必须同时包含 in.fa 与 out，否则保存时会提示「命令中缺少 in.fa / out，请检查」并中止。

参数窗口里还可以勾选「🔗 所有标签页使用相同参数」（默认勾选）：取消后可为每个标签页分别指定命令，适合各片段用不同模型的场景。

MAFFT 的反向互补
--adjustdirection 会让 MAFFT 自动检测并反向互补方向不一致的序列。若发生了这种情况，页面会提示 「⚠️N 条序列已自动进行反向互补，裁切时需注意处理！」—— 这意味着该序列的首尾方向与其它序列相反，后续裁切（尤其手动裁剪）时要留意它对应的列位置。

8工具箱

点「🧰 工具箱」弹出四项辅助功能：

功能说明
↺ 恢复状态点开后弹出三档回滚选择框（每一项都有悬停说明），按需要把当前标签页退回某个节点：
↩ 回滚至刚上传 —— 回到刚加载 / 上传时的序列：清除对齐与裁切标记、清空已执行的命令，并一并撤销「修改碱基」的改动。
↩ 回滚至对齐前 —— 撤销对齐与裁切，但保留「修改碱基」的改动。
↩ 回滚至裁切前 —— 只撤销裁切标记，对齐结果与碱基修改都保留。
后两档之所以不回退碱基：「修改碱基」是改正测序错误的人工成果，回滚对齐 / 裁切只该动软件产生的标记，不该顺手把人工修正也抹掉。三档都会重渲染序列块（顺带清掉插入空位与灰块），保留序列排列与标本名；执行前会弹确认框。回滚到「刚上传 / 对齐前」后阶段回到 0，三个执行按钮恢复可用。
📋 序列紧凑视图把峰图收成「每序列一行、每碱基一个方块」的比对矩阵，便于横向对比 —— 这是检查比对质量最方便的视图。对齐之后才能用；面板内可纵横滚动、可切换标签页。面板没有固定尺寸：序列少时它就只有几行那么高，序列多时才逐渐变高，最高长到屏幕高度的 88%（再多就在序列区出现纵向滚动条）。
面板右上角另有两个开关，默认都是关闭的：
⇔ 拖动 - 位（按钮中间那个黄色方块就是序列里的空位块）—— 开启后黄色 - 空位块才能左右拖动换位。默认锁住是为了防止误拖改坏对齐结果，要调空位位置时先点它。
✂️ 手动裁剪 —— 开启后在本面板里横向拖过若干列即可裁切，边界判定与上面的拖动完全一致（同一套列号计算）；松手后这些列整列灰化。手动裁剪之后就回不到自动裁切了（trimAl 按钮会变成「✂️ 手动裁切」）。
两个开关互斥，同一时刻只能开一个。它和峰图上的手动裁剪是同一套裁切：在这里裁完，下方峰图会同步出现灰块；反过来也一样（见下方图 5）。
⇕ 拖动排序把每条序列左侧的删除按钮暂时变成拖动把手，按住上下拖动即可调整序列顺序（松手即生效）。再次点工具箱可退出该模式。
✎ 修改碱基进入碱基编辑模式：单个碱基可拖动换位、双击改字母或删除；在碱基行或峰图区的空白处双击即可新增，新碱基落在你双击的那个 x 上 —— 所以可以直接对着某个没被识别出来的峰补一个碱基。适合修掉明显的 basecall 错误。
两条边界：「-」空位不可修改，它是对齐留下的占位标记、不是碱基，双击只会提示你（要挪位置请拖动它或它的黄色方块）；对齐之后不能再增删，双击空白会提示你先用「恢复状态 → 回滚至对齐前」退回未对齐状态（对齐后改字母、拖动仍然可用，以免破坏比对列数）。
图 5　序列紧凑视图 图中的「✂️ 手动裁剪」已开启，并刚裁掉一段列
序列紧凑视图：每序列一行、每碱基一个方块；顶栏有「⇔ 拖动 - 位」与「✂️ 手动裁剪」两个开关，前者的【-】画成黄色空位方块；被裁掉的列整列灰化，正在拖选的列有橙色描边
  • 1⇔ 拖动 - 位（图中未开启，灰底）：默认关闭。开启后黄色空位块才能左右拖动换位，用来手动微调比对。按钮中间那个黄色方块不是文字，就是序列里空位块的样子。
  • 2✂️ 手动裁剪（图中已开启，铜橙描底）：开启后横向拖过若干列即可裁切，松手生效；开了它就跑不了自动裁切，trimAl 按钮会跟着变成「✂️ 手动裁切」。两个开关互斥。
  • 3标本名列：每行一条序列，行首即标本名（与树上叶名一致），可与下方序列区块逐条对照。
  • 4被裁切的列（整列灰化）：这些列不参与建树，但仍占列位。它与下方峰图里的灰块是同一份裁切状态，两边始终同步。
  • 5正在拖选的列（橙色描边）：按住鼠标横向拖过的整段列会跨所有序列一起高亮，松手即按「交 / 差」规则生效 —— 拖一段新区域=裁掉，再拖同一区域=取消裁切。

面板高度随序列条数浮动：像图中 7 条序列就只占这么一小块，序列多时会自动长高，最多长到屏幕高度的 88%，再多就在序列区出现纵向滚动条。

为什么默认不让拖-
空位块的位置直接决定比对结果，鼠标稍微一偏就可能改动序列 —— 所以默认锁住，要用时再显式开启。也正因两者共用同一套「列号」判定，拖动与手动裁剪的边界才完全一致：拖到哪一列，就从哪一列切开。

「拖动排序」与「修改碱基」进行中时，工具箱按钮会变红并改文案为「点此完成」，再次点击即退出该模式。

9运行机制与常见问题

运行机制

常见问题

现象说明 / 处理
点裁切或建树，提示「必须先进行对齐！」这两步依赖比对结果。请先执行「🔗 Mafft对齐」，或改用「一键执行」。
序列没有峰图，只有一排碱基该文件是纯文本序列（.seq/.fasta），本身不含四通道数据。只有 .ab1 才有峰图。
页面卡顿、滚动发涩带峰图的序列太多。建议控制单次加载数量，或分标签页分批处理；纯文本序列负担小得多。
弹窗「建树失败: ……」后端返回了具体原因（如序列数不足、比对矩阵异常、模型无法估计等）。请按提示调整数据或参数后重试。
「一键执行」点不动了已经对齐过，该按钮按设计失效（避免在已对齐的状态上重复对齐）。请直接用后面三个按钮。
「+ 加载序列」按钮变灰、提示「已对齐，无法加载新序列」同理：对齐之后不允许再插入序列（否则新旧序列没法逐列比对）。若确实要补序列，先用工具箱「↺ 恢复状态 → 回滚至对齐前」清空对齐状态（该档保留「修改碱基」的改动），重新加载后再统一对齐。
提示「N 条序列已自动进行反向互补」MAFFT 检测到这些序列方向相反并已自动纠正。若后续要手动裁剪，请注意该序列的列方向。
「下载本页」后重新打开，按钮不能用了保存出来的是静态快照：只保留「工具箱」里的拖动排序与紧凑视图两项，其余按钮（对齐/裁切/建树）不带后端能力，点击无效。峰值与已画好的树仍在，可查看、可继续导出。
灰块看起来把整段都盖住了可能是数据本身可比对区段很短（如序列彼此差异过大）。试着换一段更长的读长、检查是否混入了非同源序列，或用「手动裁剪」自行界定保留区。
结果怎么用
这里给出的是一棵建好的树，不是最终结论。节点支持值低的分支不要过度解读；同时应当结合序列质量（峰图是否干净、有没有反向互补、有没有明显错碱基）与比对质量（插入空位区是否可靠）综合判断。对于正式发表，建议记录并报告所用的参数（模型、自举次数、裁切方式）。